Ziekten en plagen worden beschouwd als een teken van onevenwichtigheden in het systeem. Door biologische druiventeelt is het hele biologische systeem in de wijngaard beter in evenwicht, waardoor ziekten en plagen zich minder explosief kunnen ontwikkelen. Om de planten sterker te maken, gebruiken boeren natuurlijke gewasbeschermingsmiddelen zoals algen en heermoes. Algen stimuleren de wortelgroei, terwijl heermoes veel kiezelzuur bevat dat beschermt tegen schimmelziekten. Bloemen lokken nuttige insecten en vogels, die zich voeden met schadelijke insecten, waardoor chemische bestrijding overbodig wordt. De biologische wijnboer bestrijdt met de inzet van kippen schadelijke larven en maakt gebruik van roofvogels om spreeuwen en knaagdieren buiten de wijngaard te houden.

Toch ontkomt de biologische boer niet aan het gebruik van zwavel en Bordeauxse pap (een mengsel van kopersulfaat en gebluste kalk dat preventief werkt tegen schimmelaantastingen). Een mogelijk alternatief voor Bordeauxse pap is het gebruik van kaliumfosfiet en bakpoeder. In de wijnbouw (zowel biologische als nietbiologische) wordt het gebruik van deze stoffen tot een minimum beperkt. De inzet van meeldauwtolerante of -resistente druivenrassen draagt hieraan bij.